Metal Gear Solid

Anno 2014. Dopo gli eventi narrati in Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, il mondo è adesso gestito da un immenso sistema informatico chiamato Sons of the Patriots. Tutti i soldati del mondo hanno nel loro corpo nanomacchine che gestiscono le loro emozioni, i loro gesti e forniscono loro l'addestramento e le informazioni adeguate.
Solid Snake, invecchiato rapidamente a causa del FOXDIE ancora nel suo corpo, si trova in Medio Oriente (ufficialmente come ispettore ONU per il controllo della situazione), per conto del colonnello in pensione Roy Campbell. È lì che si ritiene vi sia il covo di Liquid Ocelot. Snake abbatte i Gekko inviati contro il suo plotone, dopodiché incontra un trafficante d'armi che si presenta come Drebin 893, che gli fornisce diversi armamenti. Lasciato Drebin, Snake entra in un palazzo dove incontra la squadra U.S.A. che gli deve consegnare i documenti, la Rat Patrol 01, comandata da Meryl Silverburgh, vecchia fiamma di Snake. La ragazza rivela di essere la figlia di Campbell e che lo stesso colonnello si è ora risposato ed ha una nuova vita, col disappunto suo. Respinto successivamente l'assalto delle FROGS, il gruppo si divide e Snake prosegue fino ad arrivare al covo di Liquid. Lì però accade qualcosa di strano e tutti, e, tranne Akiba della Rat Patrol, si sentono male. Snake riesce a riconoscere la dottoressa Naomi Hunter, che gli lascia una siringa che dovrebbe guarirlo da questo strano malessere.
Liquid scappa e Snake, ricevuto un messaggio segreto di Naomi craccato da Sunny, la figlia di Olga Gurlukovich, va a recuperarla in Perù. Assiste alla cattura dei ribelli da parte delle CMP e all'apparizione della prima B&B, Laughing Octopus. Snake riesce, eliminando varie CMP, a liberare l'area dalle forze di Liquid e a raggiungere il laboratorio di Naomi. Durante il tragitto verrà contattato da Raiden, abbastanza sconvolto dalle decisioni della moglie che adesso vive con Campbell. Arrivato al laboratorio, Naomi spiega a Snake che il suo virus è mutato e che lui sopravvivrà solo per tre mesi: al termine diventerà un'arma biologica vivente. Inoltre spiega meglio come funziona il sistema "Sons of Patriots" e perché Liquid vuole impossessarsene.
A quel punto intervengono i soldati e Laughing Octopus, che attacca Snake mimetizzandosi con l'ambiente circostante. Dopo averla sconfitta, Drebin lo contatta via radio e gli racconta la storia di Octopus, dicendogli che l'ha "purificata", uccidendola.
Snake riesce a recuperare Naomi ed entrambi scapperanno con l'ausilio di Drebin. Dopo essere giunti nel paesino sottostante il complesso del laboratorio, appaiono i Gekko che vengono affrontati da Raiden, diventato un cyborg ninja, che li sconfigge tutti. Al termine affronta Vamp: Raiden riesce a sconfiggerlo, ma nel corso del combattimento Vamp gli infligge numerose ferite. Sul punto di morire quest'ultimo viene recuperato da Snake sul suo elicottero e il gruppo riparte alla volta di Praga, nell'Europa dell'Est, dove Raiden può essere curato, ma è anche il luogo dove Liquid Snake vuole attuare la sua prossima mossa, cioè recuperare il cadavere di Big Boss, anticipando Solid. Durante il viaggio Otacon incomincia a provare dei sentimenti verso Naomi, ricambiato dalla dottoressa.
Una volta giunti in Europa, Snake è testimone dell'ennesimo scontro fra le truppe di Liquid e un misterioso gruppo armato, l'esercito del Paradiso Perduto, guidato da Big Mama. Snake riesce a incontrarla e si trova di fronte a una sorpresa spiazzante: in realtà si tratta di EVA, colei che spalleggiò Big Boss durante l'operazione Snake Eater (narrata in Metal Gear Solid 3: Snake Eater) e che in seguito partecipò al progetto Les Enfantes Terribles diventando quindi la madre dei tre Snake. Inoltre viene a sapere chi sono i Patriots: si tratta dei compagni di Big Boss: Major Zero (capo di Big Boss nell'Operazione Snake Eater), Para-Medic (la dottoressa Clark che diede vita ai tre fratelli Snake e a Gray Fox, il quale la uccise subito dopo), Sigint (che sarebbe diventato il futuro direttore della DARPA, Donald Anderson), EVA e Ocelot che decidettero di raccogliere l'eredità di The Boss e di perpetuarne gli ideali, ma ben presto Big Boss e Zero divennero ostili a causa della brama di potere del primo e il desiderio di mantenere la pace del secondo. Fu proprio Major Zero a dar luogo al progetto ai danni di Big Boss (rimasto vittima di un incidente) e soprattutto a rendere immortali i Patriots tramite potenti proxy che avrebbero permesso di controllare la società negli anni a venire. Big Mama inoltre rivela qual è il piano di Liquid: accedere al sistema SOP in modo tale da poter permettere alle sue truppe di controllare la guerra su scala mondiale, ma per accedervi occorre come password il codice genetico di Big Boss che essa possiede, in quanto detentrice della salma del leggendario soldato.
Dopo essersi scontrato con Raging Raven, la seconda B&B, e dopo un lungo inseguimento, Snake raggiunge il fiume Volta con la madre la quale, però, viene gravemente ferita nella corsa. Sul fiume Volta un grosso distaccamento di mezzi e soldati americani guidati da Meryl accerchia Liquid e le sue truppe ma egli, avendo catturato Snake, ha già inserito il codice, e al suo fianco, con gran stupore di Snake, vi è anche Naomi. A causa dei poteri del sistema Liquid compie una carneficina, in cui muoiono centinaia di uomini e il team di Meryl si salva per miracolo. Non soddisfatto Liquid da alle fiamme il cadavere di Big Boss e, nel tentativo di salvarlo, Big Mama si getta fra le fiamme. Snake, per salvare dall'incendio la madre, si scaglia a sua volta, ustionandosi la parte sinistra del viso. Big Mama/EVA, quindi, dopo aver parlato per l'ultima volta col figlio, muore; Snake invece viene tratto in salvo da Drebin.
Il piano di Liquid però non è ancora concluso, poiché per avere il controllo completo del sistema deve distruggere il satellite madre dei Patriots, chiamato JD, e per farlo gli occorre il cannone a rotaia del Metal Gear REX, localizzato a Shadow Moses.
Snake arriva sull'isola, piena di ricordi per l'eroe: qui si scontra dapprima con Crying Wolf, terza B&B, dopodiché si reca negli oscuri meandri della base, ma il cannone è già stato rimosso dall'armata di Liquid e ad attenderlo nel sotterraneo c'è Vamp, che lo sfida in un lungo combattimento: Snake vince e grazie alla siringa carpisce il segreto dell'immortalità del rumeno: si trattava in realtà delle sue nanomacchine, che riesce ad estrarre dal corpo. La base viene quindi attaccata dai Gekko ma il tempestivo arrivo di Raiden salva la situazione, con un possente attacco combinato i due sconfiggono i Metal Gear e riescono finalmente ad uccidere Vamp.
Naomi ricompare e sotto gli occhi stupefatti di Snake e Otacon in lacrime si toglie la vita rivelando di essere afflitta da un tumore che era stato rallentato dalle nanomacchine; Raiden le riferisce un misterioso messaggio di Sunny, poi la donna spira dicendo agli amici di terminare i loro intenti.
Snake si dirige all'esterno della struttura a bordo del Metal Gear Rex e affronta Liquid a bordo di un Metal Gear Ray, riuscendo a distruggerlo. Snake ne esce però indebolito e ciò permette a Liquid di scappare a bordo della sua corazzata Outer Haven; inoltre anche Raiden rimane ferito gravemente per proteggere Snake dalla nave e perde un braccio.
Recuperato da una corazzata statunitense, la Missouri guidata da una sua vecchia conoscenza, Mei Ling, Snake e il team Rat Patrol 01 lanciano un ultimo attacco alle forze di Liquid. Nelle varie battaglie Snake salva ancora una volta la vita a Meryl ed elimina Screaming Mantis, ultimo membro della B&B e controllata a sorpresa da Psycho Mantis. Meryl dichiara il suo amore per Akiba, che altri non è che Johnny Sasaki. Durante la battaglia i due verranno aiutati a sorpresa da Raiden che, nonostante la menomazione subita, si batte tenendo la spada tra i denti. Snake nel frattempo si dirige verso la sala server della nave, in modo da scongiurare l'attacco al satellite. Con un'ultima, sovrumana, prova di coraggio Snake riesce ad uscire vivo dalla sala, nel momento in cui si capisce cosa significasse il messaggio di Sunny: ha terminato il virus che distruggendo la memoria del satellite blocca l'attacco.
Finalmente faccia a faccia con la sua nemesi Snake lo affronta in un'ultima lotta a mani nude, al termine della quale Liquid si accascia a terra e muore. La lotta è finita i Patriots sono distrutti per sempre.
Sulla Missouri Meryl e Johnny consumano il loro matrimonio, mentre Snake si ritrova in un cimitero, dove sta per uccidersi per evitare l'epidemia che potrebbe contagiare il mondo intero, ma viene salvato a sorpresa da Big Boss, che si era salvato dall'esplosione di Zanzibar Land ed era stato ricostruito tramite parti degli altri Snake. Ricongiuntosi al figlio, gli racconta cosa fossero le proxy dei Patriots, e lo rassicura sul fatto che i geni del FOXDIE stanno decadendo e non causeranno più l'epidemia: ciò che ha ucciso gli altri Patriots era infatti il nuovo FOXDIE che era programmato per quello scopo. Con loro vi è anche Major Zero, oramai ridotto a un vegetale, che verrà eutanizzato dallo stesso Big Boss. Solid Snake poi chiede al padre come fa ad essere ancora vivo: Big Boss gli rivela che Liquid ha potuto avere accesso al codice perché la salma, anche se non era originale, era in realtà quella di Solidus Snake, il clone perfetto di Big Boss. Dopo aver reso un ultimo omaggio a The Boss, Big Boss muore non prima di aver invitato il figlio a non combattere mai più. Snake decide quindi di ritirarsi e di poter trovare un luogo dove vivrà accanto a Otacon i suoi ultimi giorni di vita da uomo libero.
In quanto a Raiden, si trova in ospedale, nel quale gli vengono ricmposte di nuovo le braccia, e viene raggiunto dalla sua fidanzata Rosemary insieme a un bambino di nome John, che gli rivela essere suo figlio. Lei aveva solo finto di essere la moglie del colonnello Campbell, per essere protetti dai Patriots. Raiden promette che non fuggirà più e insieme si riunisce alla sua famiglia.