Metal Gear Solid

Nel 1970 - sei anni dopo gli eventi di Snake Eater - l’ex squadra di Naked Snake, l’unità FOX, ha rotto la loro alleanza con la CIA. Snake è stato preso di mira dal gruppo FOX, che ha inviato dei soldati per catturarlo. Il gioco inizia con Snake dopo essere stato torturato e interrogato da uno dei membri della FOX, il tenente Cunningham, che sta cercando di individuare il luogo in cui si trova la metà mancante de “L’Eredità dei Filosofi”.
Snake è imprigionato in una cella accanto a Roy Campbell, l'unico superstite della squadra dei Berretti Verdi inviata per indagare sulla base. Snake apprende attraverso Roy che sono sulla penisola di San Hieronymo (una traslitterazione russa di "San Jerónimo Penisola") o "La Penisola de los Muertos", il sito di un silo missilistico sovietico abbandonato in Colombia.

I due fuggono e Snake si dirige verso una base di comunicazione, dove tenta di prendere contatto con il suo vecchio comandante, Major Zero. Al contrario, riesce solo a parlare con i suoi vecchi compagni FOX, Para-Medic e Sigint, che rivelano che Snake e Zero sono ricercati per tradimento e che l'unico modo per Snake di essere sollevato dalle accuse è di trovare e catturare il leader della ribellione, Gene. Per complicare le cose, Gene ha convinto anche la maggior parte dei soldati russi di stanza alla base a unirsi al loro fianco.

Snake apprende molte cose durante la missione. Cunningham stava lavorando per il Pentagono e voleva che Snake spingesse Gene a lanciare una bomba atomica contro la Russia cosi da infangare la reputazione della CIA per prolungare la guerra fredda. Gene era effettivamente a conoscenza di questo piano fin dall'inizio grazie alle informazioni fornitegli da Ocelot. Gene avrebbe voluto lanciare una bomba nucleare in America per distruggere i Filosofi e per fondare la sua nazione di soldati, "Army Heaven".
Alla fine della missione Snake distrugge un modello sperimentale del ICBMG (il modello di Metal Gear) e si batte con Gene sconfiggendolo.
Dopo essere stato sconfitto Gene dona a Snake i fondi, le attrezzature, il personale, e tutte le altre informazioni in materia di "Army Heaven".